Kleopatra Koyu, antik çağlarda pek çok medeniyetin izlerini taşıyan önemli bir yerleşim alanı olmuştur. Tarihin derinliklerine inildiğinde, bu koyun, yalnızca doğal güzellikleriyle değil, aynı zamanda kültürel zenginlikleriyle de dikkat çektiği anlaşılmaktadır. Efsanelerle dolu bu bölge, farklı dönemlerde çeşitli uygarlıkların etkisi altında kalmış, tarih sahnesinde önemli bir rol üstlenmiştir.

Antik dönemde Kleopatra Koyu'na ev sahipliği yapan medeniyetler arasında Romalılar bulunmaktadır. Kleopatra Koyu, tarih boyunca çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapmıştır, ancak spesifik olarak antik dönemde hangi medeniyetlerin yaşadığına dair detaylı bilgi mevcut değildir. Kleopatra Koyu'nun adı, Mısır Kraliçesi Kleopatra ve Romalı komutan Marcus Antonius'un efsanevi aşk hikayesiyle de ilişkilidir. Rivayete göre, bu iki tarihi figür, bu koyda yüzmüş ve zamanlarını burada geçirmişlerdir. Ayrıca, Muğla'nın Dalaman ilçesindeki Kleopatra Koyu'nda, su altında Kleopatra'nın yaptırdığı rivayet edilen hamamın kalıntıları yer almaktadır.