Evliya Çelebi'nin ailesine ait mezarların yeri, tarihçiler ve araştırmacılar arasında tartışma konusu olmuştur. Bu konuya dair iki ana görüş öne çıkmaktadır. Bir yanda, aile üyelerinin Lohusa Sultan Türbesi civarındaki bir mezarlıkta yattığı iddia edilirken, diğer yanda mezarların taşınarak yer değiştirildiği öne sürülmektedir. Bu belirsizlik, Evliya Çelebi'nin mirasını ve ailesinin tarihini daha da ilginç kılmaktadır.

Evliya Çelebi'nin ailesinin mezarının bulunduğu yer hakkında iki farklı görüş bulunmaktadır:

1. Lohusa Sultan Türbesi yanındaki Meyyit Mezarlığı: Evliya Çelebi'nin babası, annesi ve büyük annesinin, Beyoğlu'nda, şimdiki Lohusa Sultan Türbesi yakınında bulunan Meyyit Mezarlığı'nda gömülü olduğu belirtilmektedir.
2. Yol genişletme çalışmaları nedeniyle mezarların taşınması: Tarihçi İbrahim Hakkı Konyalı, yol genişletme çalışmaları sırasında mezarların yerinden söküldüğünü ve mezar taşlarının bir çukura doldurulduğunu ifade etmektedir.

Evliya Çelebi'nin mezarının nerede olduğu kesin olarak bilinmemektedir.